JLa flora normal, entendida hoy como el conjunto de comunidades microbianas que colonizan de manera estable los distintos sitios del cuerpo humano, es el resultado de un prolongado proceso evolutivo en el que han interactuado fuerzas de cooperación y competencia tanto entre los microorganismos como entre estos y el huésped. Cada región del organismo constituye un ecosistema particular, en el que se establecen comunidades formadas por un microbioma central y un microbioma secundario. Estas comunidades no son accidentales ni estáticas, sino el producto de una relación simbiótica cuidadosamente equilibrada, moldeada por millones de años de coevolución.
Desde el punto de vista del huésped, el cuerpo humano ofrece a los microorganismos un hábitat relativamente estable, con superficies aptas para la colonización, un suministro continuo de nutrientes y mecanismos de defensa que, aunque limitan la proliferación descontrolada, también protegen frente a la invasión de especies externas. Las respuestas inmunitarias innatas, lejos de erradicar por completo a la microbiota, permiten su permanencia regulada, estableciendo un estado de tolerancia controlada. A cambio, los microorganismos aportan funciones metabólicas que el organismo humano no puede realizar por sí mismo, contribuyen al desarrollo y la modulación del sistema inmunitario y actúan como una barrera biológica frente a patógenos potenciales.
La composición de estas comunidades microbianas está determinada, en gran medida, por las características fisicoquímicas del entorno local. Factores como la disponibilidad de oxígeno, el potencial de óxido-reducción, el valor del pH y la concentración de sales condicionan qué especies pueden sobrevivir y multiplicarse en cada sitio. La capacidad de obtener minerales esenciales, como el hierro, y de aprovechar las fuentes de energía disponibles es igualmente determinante. Debido a que muchos nichos corporales, como la cavidad oral, el intestino y el tracto genitourinario, presentan concentraciones muy bajas de oxígeno, predominan en ellos bacterias anaerobias estrictas o anaerobias facultativas, que han desarrollado mecanismos metabólicos adaptados a estas condiciones.
La microbiota no es un sistema cerrado, sino que responde de manera dinámica a múltiples influencias externas. Las prácticas de higiene personal, como el uso de jabones, desodorantes, enjuagues bucales, exfoliantes cutáneos, enemas o duchas vaginales, modifican el microambiente local y pueden alterar la composición microbiana. De igual modo, la dieta desempeña un papel central en la selección de especies, ya que distintos patrones alimentarios favorecen a microorganismos con capacidades metabólicas específicas. El tipo de agua consumida, ya sea de pozo o tratada con cloro, así como la exposición a fármacos y toxinas ambientales, introduce presiones selectivas adicionales. Los antibióticos, en particular, ejercen un impacto profundo al eliminar no solo al patógeno objetivo, sino también a numerosos miembros de la microbiota comensal.
Los cambios inducidos en el entorno, ya sea por la alimentación o por el uso de medicamentos, pueden ser compatibles con la salud siempre que se conserve el microbioma central y las funciones críticas que este desempeña. Sin embargo, cuando estas funciones se pierden o se alteran de manera significativa, pueden surgir estados patológicos. Tradicionalmente, la principal preocupación asociada al uso de antibióticos de amplio espectro ha sido la selección de bacterias resistentes. No obstante, una amenaza igualmente relevante es la disrupción del equilibrio microbiano y la pérdida de funciones esenciales que sostienen la homeostasis del huésped. Dado que los antibióticos carecen de una selectividad absoluta, su administración se asocia inevitablemente con cierto grado de toxicidad ecológica sobre la microbiota.
En el intestino de un adulto sano habita una comunidad microbiana extraordinariamente diversa, compuesta por más de ciento cincuenta especies bacterianas. La mayoría pertenece a los filos Bacteroidetes y Firmicutes, con una representación menor de Actinobacteria. Durante mucho tiempo, la relevancia de muchas de estas bacterias pasó inadvertida, debido a las limitaciones de los métodos de cultivo tradicionales. Fue el advenimiento de las técnicas de secuenciación genética lo que permitió identificar y cuantificar con precisión estas poblaciones, revelando su importancia central en la fisiología humana.
Dentro del colon, los microorganismos no solo interactúan con el huésped, sino también entre sí, en un entorno altamente competitivo. Algunas bacterias consolidan su nicho mediante la producción de sustancias antimicrobianas, como bacteriocinas, proteínas antibacterianas y metabolitos que inhiben el crecimiento de especies rivales. Estas estrategias de competencia microbiana, lejos de ser perjudiciales, benefician al huésped al limitar la colonización por bacterias invasoras y patógenos potenciales. Al mismo tiempo, los microorganismos comensales deben resistir las defensas del propio huésped, como los péptidos antimicrobianos y la inmunoglobulina A secretora liberados en la luz intestinal.
El metabolismo de los nutrientes constituye uno de los pilares de la relación simbiótica entre el ser humano y su microbiota. Los microorganismos intestinales transforman componentes de la dieta que no pueden ser digeridos por las enzimas humanas, generan metabolitos bioactivos y contribuyen al equilibrio energético y metabólico del organismo.
El intestino humano constituye un ecosistema metabólicamente muy activo en el que las bacterias desempeñan un papel central en la transformación de los nutrientes ingeridos y en la regulación del equilibrio energético del huésped. Una de las funciones más relevantes de estas comunidades microbianas es la capacidad de degradar carbohidratos complejos que el aparato digestivo humano no puede digerir por sí mismo. Entre estos compuestos se incluyen polisacáridos estructurales de origen vegetal, como la celulosa, así como otras moléculas complejas presentes en la dieta y en las secreciones del propio organismo.
Mediante una amplia variedad de enzimas especializadas, las bacterias intestinales fragmentan estos carbohidratos en moléculas más simples que pueden ser fermentadas. El resultado principal de este proceso es la producción de ácidos grasos de cadena corta, entre los que destacan el acetato, el propionato y el butirato. Estas moléculas son fácilmente absorbidas por el epitelio intestinal y transportadas hacia distintos tejidos del organismo, donde actúan como fuentes de energía para células del intestino, del hígado, del músculo y de otros órganos. En particular, el butirato constituye el principal sustrato energético de las células epiteliales del colon y contribuye al mantenimiento de la integridad de la barrera intestinal.
Además de su valor energético, los ácidos grasos de cadena corta ejercen un efecto regulador sobre el ecosistema microbiano intestinal. Al reducir el pH del lumen intestinal, crean un ambiente menos favorable para el crecimiento de bacterias potencialmente perjudiciales, lo que limita la colonización y expansión de especies indeseables. De este modo, los productos metabólicos de la microbiota no solo benefician directamente al huésped, sino que también contribuyen a la estabilidad y seguridad del propio ecosistema intestinal.
La diversidad metabólica de las bacterias del intestino va más allá del aprovechamiento de carbohidratos dietéticos. Algunas especies se especializan en consumir mucinas, que son glicoproteínas que recubren el epitelio intestinal y forman parte de la capa mucosa protectora. Otras pueden utilizar lípidos y compuestos liberados por las glándulas sudoríparas o por secreciones intestinales. Esta capacidad de explotar distintas fuentes de carbono y energía permite que múltiples especies coexistan y que el ecosistema se mantenga funcional incluso cuando la dieta varía de manera significativa.
Dentro de este complejo entramado metabólico, los filos Bacteroidetes y Firmicutes ocupan un lugar destacado. Estos grupos bacterianos poseen repertorios enzimáticos particularmente eficientes para degradar carbohidratos complejos, incluidos los componentes de la pared celular vegetal, como la celulosa, la pectina y el xilano, así como carbohidratos derivados del huésped, tales como los que se encuentran unidos a las mucinas o a los sulfatos de condroitina de la capa mucosa intestinal. Gracias a estas capacidades, estas bacterias actúan como intermediarios esenciales entre la dieta y el metabolismo humano.
Las variaciones en la proporción relativa de Bacteroidetes y Firmicutes dentro del microbioma intestinal tienen consecuencias metabólicas importantes. Un aumento en la abundancia de estos microorganismos se asocia con una mayor eficiencia en la extracción y el almacenamiento de energía a partir de los productos de fermentación. En contextos de escasez nutricional, esta mayor eficiencia puede resultar beneficiosa, ya que contribuye a maximizar el aprovechamiento de los nutrientes disponibles y a sostener las necesidades energéticas del organismo. De manera similar, en pacientes con enfermedades debilitantes, como el cáncer, esta capacidad puede ayudar a mitigar la pérdida de peso y de masa corporal.
Sin embargo, en poblaciones con acceso abundante a alimentos y con dietas energéticamente densas, esta misma eficiencia metabólica puede tener efectos adversos. La producción aumentada de ácidos grasos de cadena corta y su posterior utilización y almacenamiento por el huésped pueden favorecer la acumulación de energía en forma de tejido adiposo, contribuyendo al desarrollo de obesidad. Así, el microbioma intestinal actúa como un modulador clave del balance energético, y su composición puede inclinar la balanza metabólica hacia la conservación o el exceso de energía.

Fuente y lecturas recomendadas:
- Knipe, D. M., & Howley, P. M. (Eds.). (2023). Fields’ virology (7th ed.). Wolters Kluwer Health.
- Madigan, M. T., Martinko, J. M., Bender, K. S., Buckley, D. H., & Stahl, D. A. (2018). Brock biology of microorganisms (15th ed.). Pearson.
- Murray, P. R., Rosenthal, K. S., & Pfaller, M. A. (2025). Medical microbiology (10th ed.). Elsevier.
- Postgate, J. (2000). Microbes and man (4th ed.). Cambridge University Press.

