¿Qué son los Estudios de Asociación Pangenómicos?
Los estudios de asociación pangenómicos (EAPG) son una metodología utilizada en la investigación genética para identificar las variantes genéticas asociadas con una determinada enfermedad o característica fenotípica. Este enfoque se basa en el análisis simultáneo de múltiples regiones del genoma de un conjunto de individuos, con el fin de identificar variantes genéticas que estén presentes en individuos afectados por la enfermedad en comparación con aquellos que no lo están.
El término “pangenómico” se refiere a la consideración de la variabilidad genética en toda la población, en lugar de centrarse únicamente en un único genoma de referencia. Esto es importante porque la variabilidad genética entre individuos puede influir en la susceptibilidad a enfermedades y en la manifestación de características fenotípicas.
El primer éxito notable de los estudios de asociación pangenómicos se produjo en 2005, cuando se identificaron las variantes del gen del factor H del complemento como una causa importante de la degeneración macular asociada al envejecimiento (DMAE), una enfermedad ocular que afecta a la visión central y es una de las principales causas de ceguera en personas mayores. Estos estudios revelaron que ciertas variantes genéticas en el gen del factor H del complemento estaban asociadas con un mayor riesgo de desarrollar DMAE.
Desde entonces, los estudios de asociación pangenómicos se han utilizado en una amplia variedad de investigaciones genéticas, abarcando desde enfermedades comunes como la diabetes y enfermedades cardiovasculares hasta trastornos complejos como el autismo y la esquizofrenia. Esta metodología ha permitido identificar un número cada vez mayor de variantes genéticas asociadas con diversas enfermedades y características fenotípicas, lo que contribuye a una mejor comprensión de la base genética de la salud y la enfermedad.
Catálogo de los Estudios de Asociación Pangenómicos
El catálogo de los Estudios de Asociación Pangenómicos (EAPG) es una base de datos que recopila los hallazgos de investigaciones genéticas que utilizan la metodología de asociación pangenómica. Estas investigaciones buscan identificar asociaciones entre variantes genéticas específicas, conocidas como SNP (polimorfismos de un solo nucleótido), y rasgos fenotípicos o enfermedades en grandes cohortes de pacientes y controles.
Cuando se menciona que el catálogo contiene más de 3.000 publicaciones, significa que recopila los resultados de más de 3.000 estudios científicos en los que se han aplicado técnicas de asociación pangenómica. Estos estudios han investigado una amplia variedad de condiciones médicas y características fenotípicas, desde enfermedades comunes hasta trastornos menos frecuentes.
Además, se menciona que el catálogo contiene más de 50.000 asociaciones únicas. Esto se refiere a las relaciones identificadas entre SNP específicos y rasgos fenotípicos o enfermedades en las diferentes poblaciones estudiadas. Cada asociación única representa una conexión entre una variante genética específica y un rasgo o enfermedad específica.
El uso de grandes cohortes de pacientes y controles en estos estudios es fundamental para identificar asociaciones significativas entre variantes genéticas y rasgos fenotípicos, ya que permite detectar patrones consistentes que pueden indicar la influencia genética en una determinada condición médica o característica.
Utilidad
Los Estudios de Asociación Pangenómicos (EAPG) han emergido como una herramienta disruptiva en el campo de la genética al posibilitar la identificación sistemática de variaciones genéticas comunes en el genoma humano, sin sesgos preconcebidos. Este enfoque ha representado una oportunidad sin precedentes para investigar las bases genéticas de diversas enfermedades y características fenotípicas, proporcionando un panorama holístico de la contribución genética a la salud y la enfermedad.
Desde su inicio, los EAPG se han caracterizado por su capacidad para explorar de manera exhaustiva el genoma humano, sin centrarse en genes específicos previamente identificados. Esto significa que pueden descubrir asociaciones genéticas inesperadas, revelando nuevos conocimientos sobre la arquitectura genética de enfermedades complejas.
Con un enfoque en la identificación de variantes genéticas comunes presentes en la población general, los EAPG permiten una comprensión más profunda de las enfermedades multifactoriales. Esta metodología es especialmente relevante para condiciones médicas como la diabetes tipo 2, enfermedades cardiovasculares y trastornos neuropsiquiátricos, donde múltiples factores genéticos y ambientales interactúan para determinar el riesgo de enfermedad.
Además, los EAPG ofrecen la oportunidad de descubrir nuevas vías biológicas relacionadas con enfermedades. Al identificar las variantes genéticas asociadas con una enfermedad específica, los investigadores pueden investigar cómo estas variantes influencian los procesos biológicos en el cuerpo, lo que potencialmente conduce al descubrimiento de nuevas dianas terapéuticas y estrategias de tratamiento.
¿Qué son los Estudios de Asociación Pangenómicos?
Camino por recorrer
A pesar de los avances significativos en la identificación de variantes genéticas asociadas con enfermedades a través de los Estudios de Asociación Pangenómicos (EAPG) y la secuenciación genómica, el progreso en la genómica funcional y la comprensión de cómo estas variantes causan enfermedades ha sido relativamente lento. No obstante, el panorama está cambiando con el surgimiento de nuevas tecnologías de edición de genes, como CRISPR (Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas) y TALEN (Nucleasas Efectoras de Transcripción de Repetición de TALE).
Estas tecnologías están revolucionando la forma en que se investiga y se comprende la biología de las variantes genéticas descubiertas mediante EAPG y secuenciación. CRISPR, en particular, ha destacado por su precisión y eficiencia en la edición del genoma, permitiendo a los investigadores realizar modificaciones específicas en el ADN de manera rápida y precisa. Esta capacidad ha abierto nuevas posibilidades para estudiar las consecuencias funcionales de las variantes genéticas identificadas en los estudios de asociación pangenómica.
Por ejemplo, los investigadores pueden utilizar CRISPR para introducir o corregir mutaciones específicas en células o modelos animales y luego observar los efectos fenotípicos resultantes. Esto proporciona información valiosa sobre cómo las variantes genéticas afectan a la función celular y pueden contribuir al desarrollo de enfermedades.
Además, las nucleasas efectoras tipo activador de transcripción (TALEN) también ofrecen herramientas poderosas para la edición precisa del genoma, aunque su uso puede ser más complejo en comparación con CRISPR.
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